Весь скрипт
#!/bin/sh
cd /home/eustace/idea/bin
./idea.sh
Если кликаю мышкой в Dolphin например, то запускается программа. А на рабочем столе непосредственно - то открывается редактор.
Зашел в ~/Desktop в Dolphine, правой кнопкой мыши и выбрал Create new link to Application<, указал путь к idea.sh - теперь запускается и из самого десктопа.