imho, только лишь chmod (или даже + chown) на ф-лы (какие? соседнего юзера? системы? etc...) не решит заявленную ТС проблему...
нужно заюзять как минимум технологию chroot + debootstrap:
https://debian.pro/440 (не путать с простым chroot для некого приложения!)
или скорее даже Simple virtualization using chroot:
http://www.pixelbeat.org/docs/chroot.htmldisclaimer: сам не юзал - чистая теория...

кстати, подозреваю, что это имеет отношение и в двум другим вашим январским темам - как попытка решить возникшую проблему, полагаю такую: эмулировать одним физ.компом размещение в сети более одного вебсайта, притом - с разными айпишниками...

так вот, и там "простейшая" (simpy) как бы паравиртуализация (venerable chroot virtualisation, см вторую ссылку и также это:
http://unixteam.ru/content/virtualizaciya-ili-zapuskaem-prilozhenie-v-chroot-okruzhenii-razmyshleniya) в общем-то рулит, не отнимая излишних ресурсов.