1) Я бы попробовал git. поднять на сервере реп со скриптами, на клиентах склонировать его, а потом по крону обновлять, к примеру, в начале рабочего дня или при загрузке. Как бонус, интеграция со всякими там ide.
2) Я бы использовал общую бд вместо синхронизаций, но тут сразу всплывают проблемы со связью, при которых доступа к бд не будет, и, возможно внушительный объём работ по перепиливанию непосредственно тех загадочных пхп скриптов,а также нагрузка на сервер и проч. Потому, могу только посоветовать посмотреть на механизм репликаций, может и выйдет чего.