Windows - это ОС, которая считает, что кроме нее ничего в мире нет и перезаписывает загрузчик затирая grub.
Если при обновлении будут производиться манипуляции с загрузчиком, то ответ вполне очевиден.
Даже если после обновления у вас в меню выбора ОС не будет Linux, то восстановить grub с liveCD не проблема.