ubuntu2015,
Все очень просто. Переносишь папку в /home/user/как-то_так.
Потом правишь конфиги, заменяя пути к файлам на /home/user/как-то_так и наслаждаешься. да не забудь перегрузить сервер или вообще компьютер. Если что-то не работает, смотри где еще нужно поправить пути. Файлы конфигурации как я понял ты уже знаешь где лежат и к чему относятся.
Остальные вопросы решать не мне. Я только путь указал. :-)