oermolaev
Спасибо большое! Сработало. Удалил эту папку, снова зашел в Thunar, ввел адрес davs://webdav.yandex.ru/ и появилось расширенное предложение ввести учетные данные, в том числе сохранить пароль навсегда.
UPD: На всякий случай, если кто будет использовать это решение. Удалил не папку, а ее содержимое. Если удалить содержимое вместе с папкой, пароли не сохраняются.