/home/myuser/.config/autostart - автозапуск для конкретного пользователя в любом ДЕ (или практически любом)
/etc/xdg/autostart - системный автозапуск для всех пользователей компьютера
/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostart - системный автозапуск для всех пользователей компьютера, но только для сессии LXDE
/home/myuser/.config/lxsession/LXDE/autostart - автозапуск для конкретного пользователя, но только для сессии LXDE
Если прописать запуск в /etc/rc.local, то программа будет запускаться от root'a?
разве это директория для автозапуска?
root в Ubuntu - отдельная история, по дефолту он не активирован и для него нет отдельной сессии в Менеджере Дисплеев (ДМ), в отличие от Дебиан, например. В принципе он и не нужен, ИМХО - все задачи может решить обычный юзер-админ (учетка, которую ты создаешь при установке). Но если тебе нужна учетка именно root - то у него во всех никсах есть свой домашний раздел:
/root
Дальше все так же, как и для других юзеров.