на alternate CD больше пакетов, которые можно установить после инсталляции без инета, плюс можно поставить систему без иксов (точно этот момент не помню, под рукой нет) и (для меня важно) при установке настраиваешь lvm-массивы, или же можно зашифровать раздел, что тоже для некоторых применений есть гуд...