lumberjack,
Не юзал эти вещи в ffmpeg, не знаком. Но знаю одно точно, что без задания специфических параметров ffmpeg мочит алгоритмы со значениями по умолчанию, которые иногда выглядят достаточно далеко от идеальных или даже желаемых...
Я намекаю на то, что ключ < -i > не единственнен в ffmpeg, может стоит просто задать параметры нужные вам, в принудительном порядке, чтобы ffmpeg учёл ваши пожелания, а не делал так, как в нём вшито по умолчанию?