Когда-то менял Висту на семерку, при этом ни одного Linuxа не пострадало. И раздел 100 Мб, к слову, можно не создавать.
Я не верю, что Windows, при всей ее проприетарности, сама уничтожила один раздел и передвинула другой. Свап для нее тоже "чужой", по предложенной логике, она должна была уничтожить и его, а заодно и расширенный раздел - то есть, полностью очистить весь диск. Такое она, кстати, умеет, а вот чтобы по частям - едва ли. Что-то здесь не так.