Проблема возникает у меня уже с тремя программами: geogebra, intelij idea, android studio.
При запуске из папки всё нормально открывается, в панели юнити появляется иконка. ПКМ -> закрепить на панели -> ничего не происходит, при закрытии программы иконка пропадает. Тоже самое с добавлением в главное меню. Думал сделать .desktop файл для каждой программы, но есть одна загвоздка: скрипт запуска программы запускает раннер, который в свою очередь запускает саму программу, то есть иконка раннера будет нормально висеть, а иконка самой программы будет пропадать. Что делать?