Для начала удали папку ~/.wine
Вот как ты меня достал. Для начала включи мозг. И хватит ересь советовать, в которой не разбираешься. За то в каждой теме - затычка блин.
ТС. Смотри. У тебя есть winе - программа.
После первого запуска создаётся префикс (псевдо-windows) в домашней директории wine.
Там лежат все эти библиотечки виндовые, и конфигурационные файлы.
Кроме того ты когда устанавливаешь всякие DX, то они попадают туда.
А потом ты взял, и запустил winecfg от root!
1) За запуск wine-приложений от root тебя надо по рукам бить. Никогда этого не делай! Вообще! Ничего не запускай от root если не уверен в своих действиях. Тем более wine-приложения. ЛЮБЫЕ!
2) После того как запустил winecfg, ему унаследовались права root, посему твой пользователь не может просто получить доступ к некоторым файлам.
Для исправления достаточно вернуть обратно директории с конфигами свои права:
sudo chown $USER:$USER -R ~/.wine
А вот если это не поможет, то да, надо переходить к более радикальным мерам.
Переименовываем директорию ~/.wine в ~/.wine_old (она скрытая), и пробуем пересоздать префикс, запустив winecfg и т.д. как делал изначально.
После этого попробуй запустить игру.
Если всё ок, и в старом префиксе больше ничего не нужно(скопировал в новый все сохранения и т.д.), то директорию ~/.wine_old можно удалить.
Это правильный подход.