В теории, это заморочки GPT и загрузчика GRUB. Не могу точно сказать, будет работать или нет - не на чем проверить.
Стандарт GPT говорит, что в нем уже есть сектора MBR (Это сделано для совместимости со старой системой разбивки MBR)
Экспериментировать надо. Думаю, что на GPT работать без этого раздела не будет, а на MBR будет.