если новое ядро работает с железом безо всяких проблем, то нет ни одной причины оставлять старые ядра.
Ubuntu настроена на автоматическое удаление всех ядер кроме последних двух - это достаточно веское мнение? Одно ядро рабочее - с которым грузится система по умолчанию, второе ядро "запасное". Так происходит после выполнения команды
sudo apt-get autoremove