честно говоря эта идея кажется мне крайне сомнительной. ну ладно там live-usb флешку сделать, ну даже persistent volume на ней чтобы сохранять свои файлы и настройки - это понятно, но чтобы прямо флешку вместо харда использовать - это прямо изыск!
по существу вопроса могу только предложить попробовать обойтись одним разделом с ext2 - на нем будет корень. swap не делать, т.к. скорее всего будет тормозить, да и флешка из-за частой записи долго не протянет.