Тогда зачем симлинки?… Пропишите правильный каталог в настройках (/etc/mysql/conf.d/tweaks.cnf например).
А тот файл, на который ругается установка, просто удалите.
Возможно, это вообще какой-то промежуточный каталог. У меня такого нигде нет. Хотя и 5,5 стоял когда-то, и 5,6 сейчас стоит.