Оказывается, если сделать:
sudo fdisk -l
Выдавало предупреждение: Partition 2 does not start on physical sector boundary.
При установке системы расширеный раздел создался почему-то на секторе, который не кратен 4096 байт. Полагаю из-за этого каждый раз запускалась проверка.
Переделил жесткий диск наново в gparted, постоянные проверки при каждой загрузке исчезли.