Роман, доброе утро.
Обратите внимание, не связаны ли мигания с flash эффектами?
Если да - то это вопрос к видеокарте (или к драйверам).
Например, у меня в ноуте 2 карты встроенная Intel и дискретная Nvidia, когда работаю на встроенной, тоже много где моргает, когда переключаюсь на дискретную, моргания прекращаются.