Не понятно зачем вы это ядро ставили. Вы думаете 4.4.8 "новее", чем 4.4.0-59? Вы ошибаетесь. Нумерация ядер в Ubuntu и mainline разная. Поэтому смысла в этом действии не было. Я бы понял, если бы ставилось ядро из линейки, которая отстутствует в Ubuntu, например 4.9.
Если вы это ядро удалили, то его нет, и ваши проблемы с этим никак не связаны.
Хотя не понятно что вы понимаете под "удалил файлы ядра 4.4.8". Вы пакеты удалили, которые устанавливали или просто файлы удалили? Если файлы, то так делать нельзя. Могу разве что систему переустановить предложить.