1) "отправить наутилус в бэкграунд", тобишь, выполняться он будет на заднем плане, не мешая терминалу, с другой стороны ctrl+C его уже тоже не остановит, но это не страшно:
nautilus &
(вообще, любая команда запущенная с амперсандом вконце переходит в бэкграунд
2) почему бы не запустить ещё один терминал?