Каким образом эти настройки выставляются? Если через GUI, то вполне может быть, что у гуевых прог не хватает прав для записи в конфиги, по крайней мере у меня так с утилитой NVIDIA X Server Settings, чтобы поменять в ней че-нить приходится писать в терминале
sudo nvidia-settings