если не работает команда из официальной документации?
Всё там работает. Просто ты не понимаешь, что делаешь.
Конфигурировал с помощью make localyesconfig.
Это для той же версии, что установлена. Монолитности больше будет.
А другой версии, да ещё с патчами, да ещё и с изменением настроек - вручную. И патчи обязательно применять с предварительной проверкой. И патчить лучше ванильное ядро. А можно вообще скачать уже пропатченное ядро pf или zen, например. И вручную сконфигурировать как тебе нужно.