Переменовать покорёженный конфиг в нормальное имя, включить его и вернуть стандартный 000-default.conf
hostname совпадал с доменом mydomain.com, изменил его на web1.mydomain.com, также в ispconfig был добавлен субдомен old.mydomain.com - его удалил.
Чтобы сверить 000-default.conf с таким каким он должен быть, установил на машине в офисе ubuntu server 16.04 и установил ispconfig, сверил - они полностью совпадают.
После всех действий снова выполняю и выкладываю команду
apachectl -S:
AH00548: NameVirtualHost has no effect and will be removed in the next release /etc/apache2/sites-enabled/000-ispconfig.conf:72
VirtualHost configuration:
194.58.xxx.xxx:80 mydomain.com (/etc/apache2/sites-enabled/100-mydomain.com.vhost:7)
*:8081 web1.mydomain.com (/etc/apache2/sites-enabled/000-apps.vhost:9)
*:80 web1.mydomain.com (/etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf:1)
*:8080 web1.mydomain.com (/etc/apache2/sites-enabled/000-ispconfig.vhost:9)
ServerRoot: "/etc/apache2"
Main DocumentRoot: "/var/www/html"
Main ErrorLog: "/var/log/apache2/error.log"
Mutex fcgid-pipe: using_defaults
Mutex authdigest-opaque: using_defaults
Mutex watchdog-callback: using_defaults
Mutex rewrite-map: using_defaults
Mutex ssl-stapling-refresh: using_defaults
Mutex authdigest-client: using_defaults
Mutex fcgid-proctbl: using_defaults
Mutex ssl-stapling: using_defaults
Mutex ssl-cache: using_defaults
Mutex default: dir="/var/lock/apache2" mechanism=fcntl
Mutex mpm-accept: using_defaults
PidFile: "/var/run/apache2/apache2.pid"
Define: DUMP_VHOSTS
Define: DUMP_RUN_CFG
User: name="www-data" id=33
Group: name="www-data" id=33
На тестовой машине команда
apachectl -S выдает тоже самое.
Напомню что открывается копия сайта по адресам mail.mydomain.com, smtp.mydomain.com, ftp.mydomain.com - по всем записям что указываются в dns записях домена, по несуществующим записям вроде jsasd.mydomain.com, ничего не открывается как и должно быть. Домен находится у другого регистратора.