В Hiren's Boot CD полно утилит, которые могут выполнить эту задачу, независимо от файловой системы, расположенной на жёстком диске.
Я так себе бэдблоки вылечил (перегревался комп постоянно, отключался очень часто и вот, доотключался...). К сожалению, я точно не помню, какая именно утилита меня выручила (точно не MHDD), но там довольно просто можно разобраться...