prometeo1994, опять на примере того-же трансмиссион.
В каталоге /usr/share/applications или ~/.local/share/applications найди desktop-файл, соответствующий своему приложению, и открой в текстовом редакторе.
Ищи строку "Exec=" - в этой строке команда запуска приложения.
Если приложение поддерживает, возможно будет команда запуска в свернутом виде.
Запусти приложение в терминале с ключом справки, например:
transmission-gtk --help