in, давайте ещё раз, с начала.
Итак:
1) Как уже сказали выше, пароль в Терминале не отображается, вообще. Его нужно просто вводить и нажимать "Ввод".
2) Если пароль не принимается (при обычном поведении системы), то это означает, что он введён не правильно. Возможно перепутана раскладка, включен CapsLock, плохо (в механическом смысле) срабатывают кнопки клавиатуры и т.д.
3) При непринятии пароля обычно система предлагает его ввести ещё раз, но не более трёх раз подряд. После третьего раза никакого блокирования не происходит, однако сначала нужно будет снова ввести саму команду, для выполнения которой пароль был предназначен.
4) Если после принятия пароля снова вводится команда, требующая повышенных привилегий, то пароль уже не запрашивается. Через некоторое время (которое определяется в специальном конфигурационном файле) снова будет требоваться ввод пароля.
Но всё это при обычном режиме работы системы. А смена пароля, вещь хоть и не сложная, но необычная. Какие команды вы там вводили и почему оно не заработало - можно пока только гадать. Давайте уж тогда полное описание своих действий - попробуем разобраться. Так же не совсем ясно, сейчас "основная система" - это в том смысле, что вы снесли старую Ubuntu и установили новую (с новым паролем), или просто поменяли приоритет загрузки систем в BIOS компьютера? В конечном счёте вы просто могли перепутать при вводе один-два символа, а саму систему запускать в режиме без подтверждения входа, то есть, система начинает работать и так, а пароль требуется только для команд в Терминале, но вводите вы не совсем то.