Вероятно, дело было в том, что заготовка в apparmor_profiles давно не обновлялась. Посмотрел, где что лежит в свежей версии (на этой неделе скачал) и скорректировал пути в usr.share.skypeforlinux.skypeforlinux, скопировал его в etc/apparmor.d и активировал.
На всякий случай - полученный файл.
P.S. В данном случае - система была Xubuntu 16.04.5 64b.