...обновляться выборочно, через Synaptic
Список пакетов, которые устанавливаете-удаляете, Synaptic может сохранить в файл.
Например после переустановки системы, в синаптике открываете этот файл и все пакеты, перечисленные в этом файле будут отмечены.
Таким образом можно за раз установить-удалить все нужные программы.