ase66, утилита convert из пакета ImageMagic. Установка самого пакета:sudo apt install imagemagick
Вызываете с параметрами:convert input_image.png -fill white -opaque black output_image.png
будет выполнена замена черного цвета на белый цвет в изображении input_image.png и все это будет сохранено в изображение output_image.png. Вот так в RGB-варианте то же самое (можно любой цвет задать, какой хочется; 0,0,0 - черный, 255,255,255 - белый):
convert input_image.png -fill 'rgb(255,255,255)' -opaque 'rgb(0,0,0)' output_image.png
Для "тучи" разноцветных надо определиться с общим параметром: по какому признаку их можно выдернуть у Вас из файловой системы, чтобы понять, что обрабатывать следует именно их? Они в одном каталоге лежат и их надо все там обработать? Тогда (опять же, рассматриваю вариант когда все они png):
cd /путь/к/каталогу
for file in *.png; do convert $file -fill 'rgb(255,255,255)' -opaque 'rgb(0,0,0)' modify_$file; done