manking, из текущей уже установленной у Вас системы, имея доступ в Интернет, sudo apt update && sudo apt install -f
попробуйте выполнить. Если будут ошибки, - покажите их. Если ошибок не будет - перезайдите в сеанс и проверьте, не починилось ли меню приложений.
Можно еще и весь gnome3 переустановить...