папки, такие как Загрузки (/home/downloads), Картинки, Рабочий стол и т.д. находятся внутри SSD. Можно ли как-то их тоже перенести в HDD диск?
Да.
Здесь в общих чертах.
Здесь этот вопрос разжеван до последнего байта, все мыслимые и неиыслимые ошибки.
Можно ли поменять путь Хдд?
Да. Команда монтирования:
mount /chto/montiruem /kuda/montiruem
GUI-шный файлменеджнр таких вольностей не позволяет. В терминале не очень удобно. Поэтому пользуюсь Midnight commander.
Все нужные мне монтирования-отмонтирования прописаны в "user menu". Выбираешь нужный пункт и готово.
Чтобы оно находилось внутри /home/user/hdd?
Теоретически - хоть куда. Практически... Почитайте FHS. Там для монтирования рекомедуются /media, /mnt.
Если нет каких-то особых требований, я монтирую в /mnt. Для того, что приходится монтировать часто там созданы соответствующие каталоги.
Например: /mnt/sda2 - для раздела sda2 (в основном симлинки медийных каталогов ведут на этот раздел), /mnt/sdb1 - обычно сюда монтируется флешка, внешний USB-HDD и т.д.