Повредиться могли так:
При записи на диск NTFS после того как пропала шкала перемещения нужно смотреть на индикатор флешки, пока не перестанет мигать, это реальное окончание записи.
Если отключаем флешку сразу после того как пропала шкала перемещения, то дождаться окончания мигания индикатора только потом выдёргивать.
Если нет индикатора на флешке то лучше флешку отмонтировать через терминал, там точно видно когда можно извлекать.
В любом случае, если даже извлекаете флешку через графическую утилиту, нужно дождаться приглашения о возможности бесопасного извлечения.
Если сразу после исчесновения индикации копирования выдернуть флеку то почти наверняка потеряете данные.
На родной Linux файловой системе исчезновение индикации копирования/переноса практически совпадает.
Но всёравно выдёргивать просто так без приглашения к извлечению не следует.
Так вот и могли данные повредиться.
Тоесть они просто могли не записаться.
Вот чистый пример:
Попробуйте записать образ утилитой DD, она пока не запишет данные будет висеть в режиме работы.
А зтем то же самое утилитой dcfldd, она завершает работу и ещё несколько минут будет мигать индикатор флешки. Если в это время выдернуть флешку то образ повредится.