А как этого избежать?
Есть простой рецепт: при установке новой системы показать монтирование раздела home на /home и
дать новое имя пользователя, не пересекающееся со старым. Папка пользователя от старой системы будет полностью доступна для пользователя новой, т.е. можно будет читать данные, записывать туда. Этот фокус с доступностью возможен из-за того, что пользователь назначенный при установке системы всегда имеет ID=1000:1000.
Далее, перетаскиваем всё ценное, кроме скрытых файлов, в папку нового пользователя. Затем таскаем по одному наиболее нужные скрытые папки и файлы, например профили браузера, почтовика и т.д. Перед перетаскиванием, выданный новой системой конфиг или папку переименовываем. После каждого перетаскивания тестируем. Если что-то не так пошло, удаляем бяку и возвращаем то, что переименовывали.