tumanovalex, пишите скрипт. Используйте find, ffmpeg. Наверное этой связки для Ваших запросов должно хватить. Параметры предлагаю подобрать, так как задачу Вы уже в третий раз даете лишь в общих чертах (без какой-либо конкретики, не называя ни целевой директории, ни форматов файлов, которые предполагаются к конвертированию, - ничего по сути, кроме скупого словесного описания).