В System-Preferences-Sessions снял галки со всех запускаемых приложений, но проблема осталась. Может быть еще где-то что-то отключить надо? В настройках клавиатуры вроде порядок, правда заметил, что при переключении раскладки индикатор на gnome panel остается в режиме USA, несмотря на то, что само переключение раскладки работает.