я не говорю о линукс приложениях)) с ними конечно проще, хотя информация ваша довольно познавательна (почему же рабочую директорию не видно в гуевой настройке ярлыка?

)
я хочу сказать, что не получается запускать виндовое приложения с виндового раздела, а не из папки вайна, как вы, bsdhome , продемонстрировали.
вот живой пример:
[Desktop Entry]
Name=GTA:SA
Exec=wine "Z:\\media\\WindowsXP\\Program Files\\GTA San Andreas\\gta_sa.exe"
Type=Application
Comment=
Path=/media/WindowsXP/Program Files/GTA San Andreas
Icon=/home/user/Icons/MY/Desktop.png
и вообще, не удается запустить ни одно приложение с виндового раздела таким способом.
( ключевой момент в этом
Exec=wine "C:\\Program Files\\QIP\\qip.exe" )
пути.
ЗЫ кавычки к стати не нужны для переменной Path))
PSS а можно как-то посмотреть консольный лог того, что происходит в момент клика по экзешнику? это бы прояснило ситуацию и мы бы наглядно увидели как правильно запускать виндовое приложение через консоль