...есть идеи, относительно того - какие папки с темами и/или конфигами
Проверил некоторые идеи.
На скриншоте dconf-editor, запущенный с темой "Yaru". Видим, что 'org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout "close,minimize,maximize:"' на него не влияет, кнопки окна справа.
Здесь, dconf-editor запущен с моей темой. Кнопки окна... Да где угодно, специально для смеха состряпал такое расположение. Но, повлиял на это параметр в одном из файлов темы.
Файл /usr/share/themes/deep/gtk-3.20/settings.ini, параметр: "gtk-decoration-layout", видно в окне MC.
В окне dconf-editor видно, что 'org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout' сброшен в значение по умолчанию.