Такое ощущение, что вы на пустом месте создали проблему. Много, ну очень много программ которые переносят сиситемы. Я 80 перенес на 250, потом на 500, щас терабайтник. В начале был парагон, потом акронис, ну и дальше "DD", везде все ровно. Я думаю вам лучше сначала через Paragon посмотреть, что к чему. Acronics он сложнее как бы.