Т.к. я в этом деле не мастак, то попробовал бы подключить к виртуалке физические диски
VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename disk.vmdk -rawdisk /dev/sdb
или сразу /dev/md, создал виртуальный диск, загрузился в виртуалке в Live-режиме с iso'шника той же версии Ubuntu, "склонировал" с tarpipe на виртуальный диск и восстановил загрузчик.
Наверняка есть что-то более автоматизированное и/или элегантное
![Smiley :)](https://forum.ubuntu.ru/Smileys/webby/smiley.gif)
Насколько помню, были способы монтировать в системе VDI-файлы в RW, одна из утилит qemu, кажется, и что-то ещё (если сам VirtualBox ещё не научился).