Во-первых. Ты сам настаивал на ярлыке.
Во-вторых. Зато просто работает, всегда и везде, не зависит от конкретной системы, конкретного DE. А о DE ты вроде никак не упомянул. В общем, я предложил концепт (раз ты занялся изобретением велосипеда), а не конкретное законченное решение.
В-третьих. Так всё есть без всяких ярлыков, если не ломать. Сервис "apt-daily-update" (может ошибся в написании) всё делает, не надо ничего изобретать, никаких страшных окон, никаких кнопок.
В-четвёртых. В ярлыке (любом) ты можешь прописать несколько комманд и выбирать, какую конкретно в данный момент ты хочешь выполнить. Например, одна команда может быть с терминалом, другая без. Вот только опять, зависимость от DE. Не всякое DE может использовать несколько команд.