Там все норм с установкой.
У тебя просто Windows видимо устновлена на раздел с gpt, а флешка записана для mbr или наоборот.
Установщик Windows себя также ведет, если видит диск, размеченный в mbr, а ты записал флешку для gpt. Windows скажет, что на этот раздел невозможно установить и предложит его отформатировать.