Ответа не нашёл, но нашёл выход из положения - нам поможет скрипт
#! /bin/sh
dpkg --get-selections | \
grep -v "deinstall" | \
awk '{print $1}' | \
xargs dpkg-repack
Только надо установить пакет dpkg-repack сначала, а скрипт запустить в какой-нибудь пустой папке под sudo. Он соберет в ней абсолютно все пакеты, установленные в системе. После этого надо запустить AptOnCD и указать ей эту дополнительную папку с пакетами.