В общем используйте команду eject, кстати Вам уже об этом писал выше ADL
тока что проверял, отмонтировал свою флешку и выполнил команду
sudo eject /dev/sdb1
(у вас может быть другое устройство)
все отлично отключилось - лампочка погасла.
или вот так:
sudo echo suspend > /sys/class/usb_endpoint/usbdev1.7_ep00/device/power/level
где 1.7 - это: 1 - это номер Bus без нулей спереди , 7 - номер Device
эти значения можно взять в выводе команды lsusb