а что, sudo apt-get dist-upgrage не работает? (или просто sudo apt-get upgrage).
Развиваю мысль. Создать скрипт и поместить /etc/init.d
#/bin/bash
apt-get upgrage
Затем создать на него симлинк в /etc/rc2.d
ln -s /etc/init.d/script /etc/rc2.d/S99script
можно попробывать в эту сторону копать.