Я такие (в смысле, с такими требованиями к выполнению) вещи пишу в /etc/rc.local, попробуйте. Если не ошибаюсь, всё, что запускается оттуда, запускается именно от рута. Не факт, что это правильно, но оно работает. )
Единственный момент - некоторые скрипты, если в них накосячить, могут в этом случае помешать загрузке иксов (живой пример - inadyn, запущенный без опции --background), так что аккуратно.