NetBeans не расчитан на Qt3.
Эти файлы он может не найти:
#include <qapplication.h>
#include <qlabel.h>
А эти должен найти:
#include <QApplication>
#include <QLabel>
Пользователь решил продолжить мысль 05 Сентября 2009, 08:41:50:
qmake должен быть в PATH и возвращать что-то типа
$ qmake -v
QMake version 2.01a
Using Qt version 4.5.0 in /usr/lib
Пользователь решил продолжить мысль 05 Сентября 2009, 10:43:35:
Всё сказанное относится к NetBeans 6.7
Так пропишите в переменные окружения эти пути. Эм... например в ~/.bashrc добавьте следующее:
export PATH=$PATH:/путь/где/лежит/qmake
И перезапустите сеанс.
Пользователь решил продолжить мысль 05 Сентября 2009, 13:10:58:
Сдается мне, что NB6.5 не совсем верно сам по себе генерит make файл.
На скрине у меня NB6.7 с Qt проектом созданным мастером по умолчанию. Ничего ни где не прописывал. Собирается без проблем.

Попробуйте поставить NB6.7.