Это ж настройки Internet Explorer, а не самой винды! В винде я вообще не знаю (хотя уж сколько с ней вожусь) как задать прокси именно для соединения, чтобы любая прога, туда обращающаяся, шла через прокс. В винде всегда надо в каждой проге жестко проксик прописывать. Так вот, а если тебе надо это сделать в Linuxе, то тебе надо настроить iptables. Чтобы он при обращении к нужному тебе интерфейсу по 80 порту разворачивал трафик на тот прокс, который тебе надо. Вот примерно так выглядит правило, исправляй его под себя:
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth0 -d ! 192.168.0.0/24 -p tcp -m multiport --dport 80,8080 -j DNAT --to 192.168.0.1:3128