Похожая история: подключение по RDPv5 через клиент терминального сервера к windows-машинам вешает систему (зависания нерегулярны и хаотичны). При этом ты можешь быть нормально подключен к одной машине, а зависание происходит при заходе на вторую. Помогает перезагрузка иксов. Специфический признак того, что система повесилась - когда в окне с уже выведенным запросом логина и пароля для входа на вин-машину остается список терминалов из клиента терминального сервера.
(Ногами не пинайте - в Linuxе я чайник).