По-моему, это проблема у всех у кого видеокарточка NVIDIA и включён Компиз
Необязательно, у меня АТI Mobility radeon x1600.
Пропадает, если включен компиз, но это бывает у меня при эксперименте с компиз-манагером ). Там, разные настроечки применить, рюшечки... Окно пропадет, тогда я вызываю манагера, сбрасываю настройки до "по умолчанию" и каждую рюшечку применяю по одной, - тогда если окно пропадает, то я уже знаю, какой эффект компиза повинен в этом и попросту не включаю его.