Все делается очень просто.
Горячие клавиши ставятся очень легко в модуле Global Hotkeys в Audacious. Но для этого вначале их надо удалить из "Комбинации клавиш клавиатуры". Чем мы и займемся.
1. Ставим дополнительные плагины, если они у вас еще не поставлены :
sudo apt-get install audacious-plugins-extra
2. Запускаем Audacious. Лезем в Настройки->Модули(вкладка "Общие") и активируем там Global Hotkeys. Больше ничего пока не трогаем.
3. Идем в Система->Параметры->Комбинации клавиш клавиатуры(или просто нажимаем Alt + F2 и пишем там gnome-keybinding-properties).
4. Ищем там нужную нам команду : например, если мы хотим в Audacious поставить клавишу на остановку воспроизведения, что ищем здесь строчку "остановить воспроизведение", щелкаем левой кнопкой мыши и нажмаем Backspace. Для других нужных кнопок повторяем процедуру.
5. Идем опять в Audacious->Настройки->Модули(вкладка "Общие")->Global Hoteys и нажимаем на "Параметры". Там выбираем нужную команду и назначаем ей кнопку.
Наслаждайтесь.

ЗЫ. Модераторы - может сделать из этого HOW-TO и прилепить ? Я думаю эта проблема еще не у одного человека возникнет )